Mason vuelve a una Spire que ha sido lanzada a un mar de confusión e intranquilidad tras la reciente muerte de sus líderes. Mason es un extraño para ellos, un joven que entró en su mundo de seguridad y monotonía, y trajo algo diferente. Los ciudadanos de la Spire se enfrentan a una pregunta fundamental: ¿es este hombre del exterior un héroe o un villano?

Hay quienes piensan firmemente que es un villano, y Mason se da cuenta que van a hacer todo lo posible para deshacerse de él. Mason también entrena para liderar a un grupo de soldados en el primer ataque contra los Leachers. Pike está muerto, el PEM está desactivado, pero la guerra por la Spire, la guerra para los que han sobrevivido al apocalipsis, acaba de empezar.